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66 种测序数据分析方法和流程

写在前面:看了标题进来的老铁,这里不可能在一篇文章里写好 66 个 pipeline 给你,实际上我就是给你推荐一个网站。

3D 基因组与生物信息

重要的 Hi-C 相关文献

第一篇 Hi-C 文章: Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome; DOI: 10.1126/science.1181369

贯穿你我一生的基因之谜

无处不在的基因

选一个心情不错的时间,打开手中叫做「唾液采集器」的小管子吐进一些唾液,再把它寄给一家公司。几天后你就会收到一份复杂而详细的报告,这份报告里将记录你和上百项健康风险、几十项遗传性疾病是否有关,甚至还会帮你寻根溯源,告诉你有多少少数民族或东南亚的祖先。

转录调控与生物信息

cis-regulatory motifs

转录调控

表观遗传与生物信息

不同层次的表观

马尔科夫模型

马尔科夫是谁

马尔科夫是一位俄国的数学家,他最为人所知的是他在随机过程方面的研究。他早期研究的重点是数论而在 1900 年之后他所研究的重点转向了概率论。他研究的成果颇丰以至于在他 1905 年正式退休之后他仍然在教授课程直至去世。

机器学习在生物信息学中的应用

recap

Machine learning methods

序列比对其他相关问题

全局比对 Global Alignment

由芝加哥的 Needleman 和 Wunsch 两位于上个世纪 70 年代初提出,常被称之为 Needleman-Wunsch 算法。算法针对用户指定的打分函数,确定性地找出两条序列间的最优比对。

序列比对与动态规划

生物信息的思考方式

biological question

cluster SV 和 CV 相关算法

cluster

为什么关注聚类