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重做新人 NGS肿瘤领域可以学些什么

不出意外,很可能你将「重做新人」看成了「重新做人」,然后一脸问号的点进来。

需要时刻留心的24个生物信息学提示

前几天读到一篇英文博客深以为然,所以翻译一下和大家分享。以下24个提示不仅适用于生物信息而是适用于所有科学研究,看似简单但需要我们时刻留心。

靠谱熊的每周分享 第4期

刊首语

这周的刊首语随便聊聊几个工具。

靠谱熊的每周分享 第3期

刊首语

本周想分享一个「汉隆剃刀」经验法则:能解释为愚蠢的,就不要解释为恶意。

靠谱熊的每周分享 第2期

刊首语

本周把自己一年多没更新的个人公众号(思考问题的熊)更新了一次,结果很快就有了五十多条留言。
很多人都在反馈自己过去三四年发生和经历的事情,很神奇的感受,看似没有交集但是却也没有断了联系。

学习素材共享小组V2.0(已停止招募)

是的,你可能会好奇什么是学习素材共享小组,以及 1.0 版本去哪里了。

转录组表达分析知识图谱

文章信息

Van den Berge, Koen, Katharina M. Hembach, Charlotte Soneson, Simone Tiberi, Lieven Clement, Michael I. Love, Rob Patro, and Mark D. Robinson. 2019. “RNA Sequencing Data: Hitchhiker’s Guide to Expression Analysis.” Annual Review of Biomedical Data Science 2 (1): 139–73. https://doi.org/10.1146/annurev-biodatasci-072018-021255.

船新版本 DESeq2 处理大量样本速度显著提升

太长不看版本

DESeq 最新版本(v1.25.9)针对大样本分析的速度和之前相比有了质的飞越,果子老师的 1215 个 TCGA 样本差异分析时间从 1200 分钟缩短到单线程 20 分钟,使用多线程的情况下最快 6 分钟搞定。

biotools 综合性生物信息工具资源网站

生物信息涉及到的工具方法过于庞杂,很多时候接触到一个新的内容总是不知该去哪里找相关的工具,还有很多时候找到的工具太多又不知道该用哪个。之前写过两篇文章 66 种测序数据分析方法和流程如何快速找到自己需要的 R 包。分别从测序数据类型和 bioconductor 包两个角度介绍如何快速找到自己需要的工具。

首届生物信息人才发展论坛背后的故事

第一届生物信息人才发展论坛落幕已经半月有余,算上前前后后的准备周期,在大家眼中一个「小而美」的论坛其实陆陆续续持续了一个多月的时间。