无处不在的基因
选一个心情不错的时间，打开手中叫做「唾液采集器」的小管子吐进一些唾液，再把它寄给一家公司。几天后你就会收到一份复杂而详细的报告，这份报告里将记录你和上百项健康风险、几十项遗传性疾病是否有关，甚至还会帮你寻根溯源，告诉你有多少少数民族或东南亚的祖先。
2021 年 12 月更新，距离写这篇文章已经过去 5 年了，但是今天发现这篇文章还会有人看。感慨一下。以及如果你只是想通过比对后的 bam 文件判断一下链特异性建库与否，这个文章太长了，直接去用RSeQC这个软件的
infer_experiment.py命令跑一下就好。祝好～
本文最早写于 2017 年，时间略显久远，各位选择性吸收
cis-regulatory motifs
转录调控
不同层次的表观
马尔科夫是谁
马尔科夫是一位俄国的数学家，他最为人所知的是他在随机过程方面的研究。他早期研究的重点是数论而在 1900 年之后他所研究的重点转向了概率论。他研究的成果颇丰以至于在他 1905 年正式退休之后他仍然在教授课程直至去世。
recap
Machine learning methods
全局比对 Global Alignment
由芝加哥的 Needleman 和 Wunsch 两位于上个世纪 70 年代初提出，常被称之为 Needleman-Wunsch 算法。算法针对用户指定的打分函数，确定性地找出两条序列间的最优比对。
生物信息的思考方式
biological question
cluster
为什么关注聚类