今天分析数据的时候刚好碰到一个小问题,因为本身文件较大一开始想不出比较好的解决方法,睡个午觉醒来突然有了灵感,自认为目前解决的还算巧妙。
今天分析数据的时候刚好碰到一个小问题,因为本身文件较大一开始想不出比较好的解决方法,睡个午觉醒来突然有了灵感,自认为目前解决的还算巧妙。
Bioconductor 的存在让只用 R 语言完成 (90% 的) 生物信息分析成为了一种可能,也在很大程度上推动了 R 在生物信息领域的应用和发展。目前 Bioconductor 配合 R 3.6 使用升级到了 3.9 版本。一共有 R 包 1741 个。学习生物信息和 R 语言,它是非常好的资源。
Finding your bug is a process of confirming the many things that you believe are true — until you find one which is not true.
—Norm Matloff
本文主要内容翻译整理自:Easy multi-panel plots in R using facet_wrap() and facet_grid() from ggplot2,部分代码有修改。
ggplot2 一个非常强大的功能就是进行 multi-panel plots 的呈现,也就是我们常说的分面(facet)。通过使用 facet_wrap() 或者 facet_grid() 这样的函数我们就可以很方面的将单一的一个图变为多个相关的图。本文将通过一个具体的数据示例帮助你理解 ggplot2 分面的不同方法以及参数。
一张统计图形就是从数据到几何对象 (geometric object, 缩写为 geom, 包括点、线、条形等)的图形属性 (aesthetic attributes, 缩写为 aes, 包括颜色、形状、大小等)的一个映射。此外,图形中还可能包含数据的统计变换 (statistical transformation, 缩写为 stats), 最后绘制在某个特定的坐标系 (coordinate system, 缩写为 coord) 中,而分面 (facet, 指将绘图窗口划分为若干个子窗口)则可以用来生成数据中不同子集的图形。
导入所需数据格式为 data.frame
很早之前我一直都是使用命令行来处理软,cut,sed 再 grep 再加上终极 awk 基本上就可以随意的按照需求处理各种软件跑出来的文本文件了,再后来就要开始学习 python,python 学的怎么样了呢?呵呵。
写着写着 R 与统计基础莫名其妙地又写开 R 基础了,一起写吧。
R cran 镜像地址 https://cran.r-project.org/mirrors.html
bioconductor mirror 地址 https://www.bioconductor.org/about/mirrors/
这几天 R 语言升级到了 3.5 的版本,终于在小数点后面一位有了变化。关于新版本可以这这篇博客中查看 R 3.5.0 is released! (major release with many new features) 。