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macOS big sur 升级后编译 R 的问题

macOS 发布新系统以来有一段时间虽然手痒但是不敢升级,前几天实在忍不住点了更新。目前使用下来基本一切平稳,新系统新 UI,就像换了一个新电脑(并没有)。使用下来,日常用到的大多数软件都没有问题,比如 conda 和 brew 等等,虽然 brew 还没有正式支持。

使用 R 和 Rstudio,如果不涉及到编译也没什么问题。那如果需要编译呢?

关于 R 的版本,目前使用的最新版 4.0.3。macOS 版本为 Big Sur。

> sessionInfo()
R version 4.0.3 (2020-10-10)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur 10.16

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

关于如何解决 R 编译的问题,自 R 进入到 4.0 开始,在 macOS 上的配置就不需要像之前那么复杂了。目前只需要保证两个东西可以正常在 macOS 对应版本运行即可。

首先是最新版本的 Xcode command-line tool,针对 Big Sur 目前最新版本是 12.3 beta,选择 12.2 正式版本亦可,可以从官网下载。

然后是安装好配套的 gfortran,我是从官网页面下载的针对最新版系统的 gfortran 11

然后可以在系统路径配置文件或者.Renviron中指定路径。

PATH="/usr/local/gfortran/bin:${PATH}"

之前那些旧的配置,目前应该是都不需要了,如果你参考过我以前的文章,这里需要特别注意一下。

配置完之后,可以装个 R 包测试,比如。

install.packages(c("Rcpp", "data.table"), type = "source")

比较有趣的是,虽然在电脑里显示的版本号是 11 ,如果你通过 R 的sessionInfo() 查看就能看到内部版本号依旧是 10.16。


本文作者:思考问题的熊

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