很高兴和你相遇
这里正在记录我的所思所学
订阅免费邮件通讯接收最新内容
首页 归档 想法 通讯 播客 工具 简历 关于

macOS big sur 升级后编译 R 的问题

macOS 发布新系统以来有一段时间虽然手痒但是不敢升级,前几天实在忍不住点了更新。目前使用下来基本一切平稳,新系统新 UI,就像换了一个新电脑(并没有)。使用下来,日常用到的大多数软件都没有问题,比如 conda 和 brew 等等,虽然 brew 还没有正式支持。

使用 R 和 Rstudio,如果不涉及到编译也没什么问题。那如果需要编译呢?

关于 R 的版本,目前使用的最新版 4.0.3。macOS 版本为 Big Sur。

> sessionInfo()
R version 4.0.3 (2020-10-10)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur 10.16

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

关于如何解决 R 编译的问题,自 R 进入到 4.0 开始,在 macOS 上的配置就不需要像之前那么复杂了。目前只需要保证两个东西可以正常在 macOS 对应版本运行即可。

首先是最新版本的 Xcode command-line tool,针对 Big Sur 目前最新版本是 12.3 beta,选择 12.2 正式版本亦可,可以从官网下载。

然后是安装好配套的 gfortran,我是从官网页面下载的针对最新版系统的 gfortran 11

然后可以在系统路径配置文件或者.Renviron中指定路径。

PATH="/usr/local/gfortran/bin:${PATH}"

之前那些旧的配置,目前应该是都不需要了,如果你参考过我以前的文章,这里需要特别注意一下。

配置完之后,可以装个 R 包测试,比如。

install.packages(c("Rcpp", "data.table"), type = "source")

比较有趣的是,虽然在电脑里显示的版本号是 11 ,如果你通过 R 的sessionInfo() 查看就能看到内部版本号依旧是 10.16。


本文作者:思考问题的熊

版权声明:本博客所有文章除特别声明外,均采用 知识共享署名-非商业性使用-禁止演绎 4.0 国际许可协议 (CC BY-NC-ND 4.0) 进行许可。

如果你对这篇文章感兴趣,欢迎通过邮箱或者微信订阅我的 「熊言熊语」会员通讯,我将第一时间与你分享肿瘤生物医药领域最新行业研究进展和我的所思所学所想点此链接即可进行免费订阅。


· 分享链接 https://kaopubear.top/blog/2020-11-25-bigsurupdater/