R cran 镜像地址 https://cran.r-project.org/mirrors.html bioconductor mirror 地址 https://www.bioconductor.org/about/mirrors/ 通过 Renviron 文件为 R 自身设置一些环境变量,仅对 R 有效。 file.edit('~/.Renviron') 打开文件 .Rprofile 文件在 R 启动时会被首先执行。 file.edit('~/.Rprofile') 打开文件 在文件末尾添加两行 如果上面两步设置好后在安装 bioconductor 还有问题,可以再用第三步。 把 https://bioconductor.org/biocLite.R 下载到本地并打开,在文件开头加入如下两行命令并保存。 然后使用 source 调用本地 biocLite.R 文件安装 bioclnstaller,再进行安装 Windows 配置文件 Rconsole,通过 R 代码查找路径: windows 安装 EBSeq 会发现一个神奇的报错 修方式参考 https://github.com/rstudio/shiny/pull/968 依次输入命令 在 windows 里经常会看到关于权限的报错或者警告,可以通过设置给自己一个权限。 打开 R 的安装文件夹,右击鼠标选择属性然后选择安全设置,给 Users 添加三个之前没有的权限。 针对 linux 服务器,R 的升级需要你首先得有 Linux sudo 权限。根据谢神的忍者指南,R 的本身升级只需要下面几个命令。 升级 R 之后依旧最好是设置 Renviron 和 Rprofile,需要更改为国内的两个镜像。 在对 R 包进行升级的时候,有时候会提示部分 R 包无法升级,是因为所在的 path 你本身没有权限修改,比如 本文作者:思考问题的熊 版权声明:本博客所有文章除特别声明外,均采用 知识共享署名-非商业性使用-禁止演绎 4.0 国际许可协议 (CC BY-NC-ND 4.0) 进行许可。 如果你对这篇文章感兴趣,欢迎通过邮箱或者微信订阅我的 「熊言熊语」会员通讯,我将第一时间与你分享肿瘤生物医药领域最新行业研究进展和我的所思所学所想,点此链接即可进行免费订阅。两个地址
第一步:给 R 包一个家
R_LIBS_USER="E:/Rlib"
# 指定 R 的附加包安装目录
第二步:给 R 包指两条路
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran
第三步:安装 BiocInstaller
optionsoptions(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran
source(/your/path/biocLite.R)
BiocInstaller::biocLite()
第四步:Windows 的中文坑
file.path(R.home('etc'), 'Rconsole')
,把文件里的 languange 改为 en language = en
。第五步: Windows 的 Unicode 坑
unexpected INCOMPLETE_STRING
Sys.setlocale(,'English')
"\u2264"
iconv("\u2264", "UTF-8")
第六步:给自己一个 Rlib 权限
针对 Linux 系统
sudo apt-add-repository -y "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu`lsb_release -cs`/"sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base-dev
sudo apt-get build-dep r-base-dev
"/usr/local/lib/R/site-library"
。这个时候可能就需要通过sudo R --vanilla
登陆,然后把你没有权限的包先卸载掉,然后再正常登陆安装到自己有权限的默认路径里去。
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