还在羡慕海峡那边的朋友下载 SRA 快到飞起？还在难过用 wget 下载数据经常下载不完整？用了官方的下载工具还是慢的不行？这里有一个 SRA 下载自救尝试指南供你参考。 因为这是一篇极简自救指南，所以一切都不解释，直接给出链接，不明白的自行学习（爱学不学）。 SRA Toolkit 网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc aspera 网址：https://support.asperasoft.com/hc/en-us aspera 官方对于下载 NCBI 数据的说明 SRA Toolkit 官方对于使用 aspera 的说明： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/ https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list 目前中文关于使用 aspera 下载 sra 数据的几篇教程都写的婆婆妈妈乱七八糟，千万不要再看了！ 记住，正式的自救只需要两步，其它写一大串的文章都是“耍流氓”。 把要下载的数据 SRR 号写入一个文件 srr.txt，每行是一个 SRR id 利用 SRA toolkit 的 其中-a 参数中必须要用绝对路径写上 ascp 所在的位置和 previte KEY 的位置，如果是正常安装只需要把 user 替换为自己的用户名。 下载了八个 SRR 文件，平均一个大小 5G 左右，使用时间如下： 喏，5G 的文件，即便是在（你懂的）这种网络状况下，一个也只需要不到 2 分钟。 本文作者：思考问题的熊 版权声明：本博客所有文章除特别声明外，均采用 知识共享署名-非商业性使用-禁止演绎 4.0 国际许可协议 (CC BY-NC-ND 4.0) 进行许可。 如果你对这篇文章感兴趣，欢迎通过邮箱或者微信订阅我的 「熊言熊语」会员通讯，我将第一时间与你分享肿瘤生物医药领域最新行业研究进展和我的所思所学所想，点此链接即可进行免费订阅。
需要用到两个工具
快速自救前奏
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
# 小心版本号有变动，不要直接复制上面的命令
tar zxvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh
# 默认安装路径 /home/user/.aspera
正式开始自救
prefetch 下载，并指定下载方式为 ascp，命令如下，各种参数的含义自行查看文档（爱看不看）prefetch -t ascp -a "/home/user/.aspera/connect/bin/ascp|/home/user/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file srr.txt -O /opt/user/ncbi
自救效果测试
2018-09-05T14:14:33 prefetch.2.9.2: 1) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:14:33 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:16:58 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:16:58 prefetch.2.9.2: 1) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:17:01 prefetch.2.9.2: 2) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:17:01 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:19:25 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:19:25 prefetch.2.9.2: 2) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:19:28 prefetch.2.9.2: 3) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:19:28 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:22:31 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:22:31 prefetch.2.9.2: 3) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:22:35 prefetch.2.9.2: 4) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:22:35 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:25:14 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:25:14 prefetch.2.9.2: 4) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:25:17 prefetch.2.9.2: 5) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:25:17 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:26:46 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:26:46 prefetch.2.9.2: 5) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:26:49 prefetch.2.9.2: 6) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:26:49 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:28:13 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:28:13 prefetch.2.9.2: 6) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:28:16 prefetch.2.9.2: 7) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:28:16 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:29:56 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:29:56 prefetch.2.9.2: 7) 'SRR******' was downloaded successfully
2018-09-05T14:30:00 prefetch.2.9.2: 8) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:30:00 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:31:58 prefetch.2.9.2: fasp download succeed
2018-09-05T14:31:58 prefetch.2.9.2: 8) 'SRR******' was downloaded successfully
自救成功，祝好！
· 分享链接 https://kaopubear.top/blog/2018-09-19-downloadsrafast/