SRA 数据下载自救指南

2018-09-19, 1167 words, 6 min read

还在羡慕海峡那边的朋友下载 SRA 快到飞起？还在难过用 wget 下载数据经常下载不完整？用了官方的下载工具还是慢的不行？这里有一个 SRA 下载自救尝试指南供你参考。

需要用到两个工具

SRA Toolkit
IBM aspera 高速文件传输工具

因为这是一篇极简自救指南，所以一切都不解释，直接给出链接，不明白的自行学习（爱学不学）。

SRA Toolkit 网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

aspera 网址：https://support.asperasoft.com/hc/en-us

aspera 官方对于下载 NCBI 数据的说明

https://support.asperasoft.com/hc/en-us/articles/216125898-Downloading-data-from-NCBI-via-the-command-line

SRA Toolkit 官方对于使用 aspera 的说明：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch

快速自救前奏

下载 aspera （选择 linux 版本）

https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list

安装 aspera

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
# 小心版本号有变动，不要直接复制上面的命令
tar zxvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh
# 默认安装路径 /home/user/.aspera

安装 sra toolkit 具体命令省略，注意一定要安装最新版本：）

正式开始自救

目前中文关于使用 aspera 下载 sra 数据的几篇教程都写的婆婆妈妈乱七八糟，千万不要再看了！

记住，正式的自救只需要两步，其它写一大串的文章都是“耍流氓”。

把要下载的数据 SRR 号写入一个文件 srr.txt，每行是一个 SRR id
利用 SRA toolkit 的 prefetch 下载，并指定下载方式为 ascp，命令如下，各种参数的含义自行查看文档（爱看不看）

prefetch -t ascp -a "/home/user/.aspera/connect/bin/ascp|/home/user/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file srr.txt -O /opt/user/ncbi

其中-a 参数中必须要用绝对路径写上 ascp 所在的位置和 previte KEY 的位置，如果是正常安装只需要把 user 替换为自己的用户名。

自救效果测试

下载了八个 SRR 文件，平均一个大小 5G 左右，使用时间如下：

2018-09-05T14:14:33 prefetch.2.9.2: 1) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:14:33 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:16:58 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:16:58 prefetch.2.9.2: 1) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:17:01 prefetch.2.9.2: 2) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:17:01 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:19:25 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:19:25 prefetch.2.9.2: 2) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:19:28 prefetch.2.9.2: 3) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:19:28 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:22:31 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:22:31 prefetch.2.9.2: 3) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:22:35 prefetch.2.9.2: 4) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:22:35 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:25:14 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:25:14 prefetch.2.9.2: 4) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:25:17 prefetch.2.9.2: 5) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:25:17 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:26:46 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:26:46 prefetch.2.9.2: 5) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:26:49 prefetch.2.9.2: 6) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:26:49 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:28:13 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:28:13 prefetch.2.9.2: 6) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:28:16 prefetch.2.9.2: 7) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:28:16 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:29:56 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:29:56 prefetch.2.9.2: 7) 'SRR******' was downloaded successfully

2018-09-05T14:30:00 prefetch.2.9.2: 8) Downloading 'SRR******'...
2018-09-05T14:30:00 prefetch.2.9.2:  Downloading via fasp...
SRR******
2018-09-05T14:31:58 prefetch.2.9.2:  fasp download succeed
2018-09-05T14:31:58 prefetch.2.9.2: 8) 'SRR******' was downloaded successfully

喏，5G 的文件，即便是在（你懂的）这种网络状况下，一个也只需要不到 2 分钟。
自救成功，祝好！

本文作者：思考问题的熊

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