Zotero入门学习路径

Zotero入门学习路径

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相关内容简述

学术文献管理和阅读工具其实主要包括管理和阅读两个需求。

所谓管理主要有三个层面的需求,一个是方便的把文献放到工具中去,然后可以提取出准确丰富的文献信息;另一个是可以把需要引用的文献方便的在写作工具中插入;第三个就是快速的找到自己想要的文献。阅读的话就是各种高亮和笔记的操作以及管理。同时还有不同平台同步的需求。

目前常用的文献管理工具有很多,比较有代表性的如下几个:

Endnote

https://endnote.com/ 一款最知名的文献管理工具,付费价格相对较贵但是多数高校和科研机构购买过可以使用。(从个人层面而言仅仅是偶尔使用过几回,没有太多体会,所以有经验的小伙伴不要吝啬分享这个软件的优缺点和使用体验)

Mendeley

Mendeley https://www.mendeley.com

2013年从开源软件身份被 Elsevier 高价收购,目前背靠大树。我现在主用Zotero,辅助Mendeley。

个人认为Mendeley有如下几个主要优点:

  1. 真 全平台:Web, Mac, Linux, Windows, iOS, Android 所有文献随时随地阅读。
  2. 真 实时全同步:免费2G存储空间(Zotero 300M),约 1000 千篇文献的免费存储空间对于大多数人足够了,文献要及时整理删减,当成网盘用就是你的不对了。
  3. 真 智能:浏览器插件自动保存文献,自动监听本地文件夹,电脑客户端本地 pdf 文件直接拖入软件后自动检测论文条目,识别率极高。根据已有文献推荐相关其它文献。
  4. 团队,社交及推荐属性:网站注册后可以关注和被关注(类似于 ResearchGate),按照研究领域推荐好友,创建或加入小组分享文献。
  5. 内置PDF阅读器:支持复制高亮和批注,支持对整个文献记录笔记。
  6. 多种数据导入导出格式:支持批量导入各种数据库文件(比如 Zotero),word 插件文献导入,支持多种格式引用格式导出,比如 BibTeX。
  7. 使用门槛和EndNote与Zotero相比非常低,几乎没有学习成本。
  8. 好看,手机客户端和网页颜值较高。

缺点:内置阅读器不够强大,分辨率也不是很高;不支持类Zotero多附件插入和树状目录,和Zotero 相比笔记功能比较简陋。

Zotero

Zotero https://www.zotero.org/

目前是我的主用工具,具体的介绍见下一部分内容即可。

F1000 workspace

F1000 workspace 是 F1000 旗下的一款产品,和其他几个工具不同。可以说F1000 workspace 是唯一一个真 web 工具。不需要本地客户端,PDF可以直接上传并通过浏览器阅读和标注,在任何地方只要有一个浏览器就可以使用。

官网有如下一段介绍:

F1000Workspace is the latest offering from F1000 and provides a unified workspace for scientists to collect, write & discuss scientific literature. It features a web-based application, a browser extension, powerful word processing plugins and a mobile application. It includes key article recommendations by our faculty of over 8,000 leading experts in biology and medicine and links to our Open Science publishing platform, F1000Research.

其主要特点是结合 F1000 的推荐功能和社交属性,可以说是一款相对更加有现代感的工具。如果你已经厌倦了传统的文献管理工具。F1000 workspace 绝对是一个不错的新选择。

不过这款工具也是订阅制的,你可以通过 https://f1000.com/work/institution-check 这个网页通过输入所在机构的邮箱来查看自己的高校或者研究单位是否进行了订阅。如果是如下这种效果,那么就可以使用它的全部功能且不受任何限制。

虽然这款工具不做具体的介绍,但是你可以在 https://f1000.com/work/#/faq 查看使用说明。

代表性工具介绍 Zotero

本周一起学习的代表性工具介绍为 Zotero,在官方网站有一篇文章专门剖析了为什么要是用Zotero

选择Zotero进行学习的主要原因

Zotero 的缺点

使用一个工具首先要了解工具的上限和下限,Zotero同样有着比较明显的短板。

学习路径

最权威和最新的学习资料一定是官方文档 https://www.zotero.org/support/

目前文档有中文的版本,但是针对 Zotero 4.0 ,如果英文吃力也可以参考 https://www.zotero.org/support/zh/start

添加内容到文献库

使用浏览器插件

https://www.zotero.org/download/

不同于一些工具的浏览器插件,zotero的浏览器插件称得上可以「保存一切」。当你所在的网页呈现出不同的内容是,zotero的插件会呈现出不同的图标。例如如果打开的是PDF那么图标就会变成PDF,如果你打开的是一个有文献的页面,就会出现一个文献的图标。如果一个网页内有多个文献元数据,可以检测到同时保存多篇文章。即便是一篇博客,也可以直接保存。

下图为直接保存博客网页的效果,可以看到也会抓取部分内容作为摘要显示。

如果你好奇zotero支持导入的内容包括什么,可以参考下面这个截图。

使用各种标识符在应用内添加

对于添加文献或者书籍,如果你知道了它对应的 ISBN,DOI 或 PubMed ID,则可以快速将项目通过标识符添加到库中。

请单击zotero窗格中间列顶部的“按标识符添加项目”按钮,输入标识符,然后按Enter。要一次输入多个标识符,输入第一个标识符后按 Shift + Enter,然后输入其余标识符(每行一个),通过 enter 换行,输入所有标识符后,按Shift + Enter 一次导入所有项目。如下图所示

本地PDF文件和各种附件直接拖入应用

如果你有已经下载好的PDF版本文献,只要直接拖入到应用中即可,zotero会自动识别PDF文档中的元数据。

对于任意格式的附件,例如文章中的代码等内容。都可以通过右键单击Zotero项目选择“添加附件”或单击Zotero工具栏中的回形针图标,将添加文件添加为现有Zotero项目的附件。

从其它工具导入

zotero 支持从多种工具的数据导入,且支持的导入格式非常丰富。例如 mendeley 的数据库,endnote的xml格式,以及常见的RDF和RIS格式等等。更多格式见下图截图。

通过feed进行订阅

如果你是一个喜欢追文献的人,肯定有各种各样自己的方法,例如通过右键订阅或者RSS等等。其实zotero本身就为你提供了一种非常方便的方法。

例如点击URL,你可以将一些杂志主页提供的URL地址直接添加到这里,并且进行更多高级设置,例如更新时间和删除时间等等。

文献和笔记管理

文献组织形式和分类:集合与标签

可以理解为支持多个层级的文件夹,如下为在一个合集中新建一个子集。

除了按照目录分类以外,可以为每个文献添加若干个标签。这里建议标签的纬度不要和集合的维度重合。例如,我有个一个叫做「lncRNA」的目录集合,就不应该再建立一个「lncRNA」的标签了,这时的标签可以是用途维度,或者是重要性维度。例如使用P1 P2 P3 标注文献的重要性,或者使用「中期」「答辩」等标注一个文献的可能用途。

每个标签可以设置其对应的颜色,这个色块也会自动显示在每一个条目的开头,方便查看一目了然。如下图所示:

搜索

快速搜索支持三种粒度的搜索方法,如下图所示。需要说明的是,如果你的PDF文档已经建立了所以,通过所有内容进行搜索时是可以搜索到PDF文档中的文本的。

除了快速搜索以外,zotero中还有一种高级搜索方法。

高级搜索提供比快速搜索更多更精细的筛选条件,并允许保存搜索内容方便下次使用。

运行高级搜索徐要打开“高级搜索”窗口,单击中心窗格顶部的放大镜图标。然后就会进入搜索界面,搜索支持逻辑判断,可以搜索的条目也非常之多。

排序和关联

每个集合都支持显示若干你需要的条目并且按照需要的方式进行排序,更重要的是还支持二次排序。

另外,不同的文献之间,文献和笔记之间都可以进行关联。

我们可以方便的把认为关联性强的内容结合到一起。

笔记

如下图所示,每一篇文献支持插入多个笔记。笔记支持的格式内容也非常丰富,例如引用和插入链接以及添加不同层级的标题都没有问题。而且笔记还可以和多篇文献进行关联。

生成引文和报告

无论是使用endnote还是使用medeley,亦或者使用zotero,有一个非常重要的需求就是在平时写各种论文的过程中插入一些参考文献。zotero 可以从哪些方便满足你的需求呢?

img

快速复制

如果你只是希望在自己的博客或者笔记中插入一些文章而无需遵守严格的位置要求。那么zotero 本身提供了非常方便的快速复制方法。

在设置中你可以设置复制时需要的引文格式,然后只需要拖拽即可,非常自由。

多篇文献右键多种导出

当你同时选择多篇文献时,也可以通过鼠标右键选择你需要导出的形式。例如RTF或者html,当然,你也可以选择直接复制然后一步黏贴到位。

在Microsoft word 中使用zotero插件

通常在一开始安装软件的时候就会提示自动安装word插件,如果因为各种原因前期没有安装可以在设置的引用中进行安装,重启word即可。

安装好之后,在word中就会出现如下zotero插件

Zotero选项卡包含以下内容

在正式插入引文之间,需要设置因为的格式和语言,通过管理样式可能找到海量的引文格式。如果需要显示中文,则可以在语言选项出选择中文。

在需要添加引文的位置点击添加选项或者

再出现的搜索框中可以使用各种方式来搜索自己需要插入的文献,例如作者姓名也是可以的。

如果需要在一个位置内引用多篇文献,可以一次选择自己想添加的内容,最后会车即可。

所有文献都引用文之后直接点击书目即可

生成报告

除了插入参考引文之外,zotero还给出了另一种导出参考文献的方式。也就是生成报告。

报告是简单的HTML页面,概述了所选项目的项目元数据,注释和附件。可以打印它们也将它们发布到网上并通过电子邮件发送。

创建报告可以右键单击中心窗格中的项目或选项,然后选择“从所选条目生成报告...”。还可以右键单击左列中的集合,然后选择“从集合生成报告”。

第三方工具 https://github.com/retorquere/zotero-report-customizer/releases

可以帮助你更好的过滤报告内容,例如对报告进行排序或者增删条目等。

备份和协作

同步

zotero 本身支持300M免费的存储空间。这对很多人都是不够的,如果你不想购买官方的存储空间可以使用WebDAV服务。这里就不做展开介绍了,以国内使用比较方便的「坚果云」为例,官方给了一个比较详细的配置方法教程。

如何在Zotero中设置webdav连接到坚果云?

协作

协作功能可能是很多人都忽略掉或者不知道的一个功能。zotero 提供了相对完善的协作方式,这里做一些介绍。

如果你想和实验室或者几个好用共享协作一个文献库,那么就可以创建一个私有库,需要去官网创建,方式如下。

随后还有一些具体的权限需要设置,例如什么人可以读,什么人可以编辑。

创建好之后,如果你的客户端已经登陆并且完成同步,将会在侧边栏出现一个新的群组。如下图所示。

另外,在网页版的管理界面中可以进行成员邀请和协作。

其它内容

插件推荐

插件系统是zotero作为开源软件的独特优势,官方插件网站 https://www.zotero.org/support/plugins 。

我在用的几款插件如下图所示,非常推荐你安装。


本文作者:思考问题的熊

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