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macOS 10.15 安装R包

早先升级 macOS10.15 电脑 SMC 出了一些问题,试了一些方法都没有解决,无奈只能继续升级到public beta 版本。

2019-10-29 / 4 min read

数据库网站 API 知多少

API

API 这个词在大多数人看来可能和 CNS 差不多,前者天天听说就是用不上,后者天天读就是发不了。

不过,通过今天的一个简短介绍,今后 API 这个东西你就用上了,因为在文章最后我将会展示一个最最基础且高频的 API 使用示例。

2019-10-26 / 8 min read

转录组表达分析知识图谱

文章信息

Van den Berge, Koen, Katharina M. Hembach, Charlotte Soneson, Simone Tiberi, Lieven Clement, Michael I. Love, Rob Patro, and Mark D. Robinson. 2019. “RNA Sequencing Data: Hitchhiker’s Guide to Expression Analysis.” Annual Review of Biomedical Data Science 2 (1): 139–73. https://doi.org/10.1146/annurev-biodatasci-072018-021255.

2019-10-11 / 6 min read

船新版本 DESeq2 处理大量样本速度显著提升

太长不看版本

DESeq 最新版本(v1.25.9)针对大样本分析的速度和之前相比有了质的飞越,果子老师的 1215 个 TCGA 样本差异分析时间从 1200 分钟缩短到单线程 20 分钟,使用多线程的情况下最快 6 分钟搞定。

2019-09-17 / 14 min read

Zotero入门学习路径

相关内容简述

学术文献管理和阅读工具其实主要包括管理和阅读两个需求。

所谓管理主要有三个层面的需求,一个是方便的把文献放到工具中去,然后可以提取出准确丰富的文献信息;另一个是可以把需要引用的文献方便的在写作工具中插入;第三个就是快速的找到自己想要的文献。阅读的话就是各种高亮和笔记的操作以及管理。同时还有不同平台同步的需求。

2019-09-11 / 14 min read

VScode入门学习路径

相关内容简述

如果你对代码编辑器完全没有任何概念,那么可以把所谓的代码编辑器理解为一个更加适合写代码的地方。

在word里你可以方便的进行文字的编排,在PowerPoint中你可以方便的进行幻灯片的制作,而一个好用的代码编辑器则可以帮助你更加高效的编写代码脚本。

2019-09-11 / 18 min read

当我谈工具的时候我在谈什么

好工具那么多,你知道如何学吗

比知道一个工具更重要的是想明白如何学习一个工具。**比如为了以 VS code 为例进行说明,我甚至在今天上午直接写了一个 VS code 插件。**是的,写了一个插件,不是用了一个插件。

2019-09-10 / 8 min read

如何使用语雀快速发表自己的博客

拥有个人博客的几种途径

在越来越多的人已经没有耐心读完 140 字微博(micro-blog),短视频逐渐占据人们更多注意力的今天,博客(blog)——这一上个时代的产物——似乎正在被我们渐渐遗忘。

2019-09-01 / 15 min read

biotools 综合性生物信息工具资源网站

生物信息涉及到的工具方法过于庞杂,很多时候接触到一个新的内容总是不知该去哪里找相关的工具,还有很多时候找到的工具太多又不知道该用哪个。之前写过两篇文章 66 种测序数据分析方法和流程如何快速找到自己需要的 R 包。分别从测序数据类型和 bioconductor 包两个角度介绍如何快速找到自己需要的工具。

2019-08-15 / 5 min read