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简历

更新时间 2020.09,正在寻求医疗医药行业生物信息相关工作。

个人信息

  • 思考问题的熊
  • 微信:kaopu_bear
  • 电子邮箱:[email protected]
  • 个人主页:https://kaopubear.top

教育背景

  • 2015.09 ~ 中国科学院植物生理生态研究所 生物信息学 博士在读(预计2021年初毕业)
  • 2011.09 ~ 2015.07 山东农业大学园艺学院 农学学士

专业技能

熟悉 NGS 组学数据分析

  • WGS、ChIP-seq、RNA-seq 和 PAT-seq 实验设计与完整项目分析
  • 核心基因组拼接;基因结构注释;lncRNA 鉴定分析;时序转录组分析;NGS 辅助基因定位等个性下游分析
  • 对常用工具原理和参数有较深入理解,进行过 Motifscan 二次开发,多种 Variant 相关工具比较整合

熟练使用开源数据库

  • 使用 GEO 公用数据进行转录组与表观组数据整合分析与信息挖掘
  • 使用 Ensembl API 进行二次开发

熟悉流程控制与环境管理

  • 熟练使用 Snakemake 和 Conda 等相关工具
  • 开发组学数据分析流程提高工作效率
  • 开发一站式多组学 BSA 基因定位流程用于定位性状关联位点

熟悉 Linux 系统与 Shell 编程

  • 负责实验室服务器和 NAS 日常运维管理
  • 基于 Shell 脚本自动化服务器数据备份及进程管理

熟悉版本控制工具 Git

  • 使用 Git 与 GitHub 组织开源项目进行协作
  • 使用 Git 开发 VSCode 编辑器插件

熟练使用 R 语言

  • 使用 R/Biocoductor 进行数据清洗、统计分析与绘图
  • 结合 R 与 Poltly 等工具进行交互式可视化展示
  • 结合平台 API 进行常规网站数据爬取与内容分析

常规网站开发

  • 利用 LAMP 框架开发维护多个数据库平台
  • 基于 RShiny 开发多个组学结果可视化与分析平台

主要科研项目

  • 基于多组学 BSA 的性状关联位点定位流程与多倍体物种分析平台
    基于 Snakemake 开发多组学 BSA 结合 de novo 组装进行性状关联位点定位的分析流程,基于 RShiny 框架开发可进行 snp 注释,多物种同源基因分析和共线性区间分析等功能的在线网络平台。项目论文预计 2020 年 12 月投稿。
  • 植物多组学数据驱动的上下游调控因子挖掘平台
    收集与整合分析拟南芥和水稻多组学公用数据,在线网络平台前后端开发及更新维护。项目论文 2019 年发表于 The Plant Journal,网站使用量超过 16,000 次。
  • 植物再生的伤口信号转导机制研究
    组蛋白甲基化和转录组时序分析在内的多组学联合分析,为相关基因分子作用机理提供表观遗传调控依据。项目论文 2019 年发表于 Nature Plants,已有引用 30 次。

其它经历

  • 少数派高级作者:发表科技&生产力工具相关文章,总阅读量 68 万次。
  • 音频播客:以生物信息为主线,截止2020年10月上线 20 期全网节目播放量 6 万,喜马拉雅播客创作大赛三等奖。
  • 生物信息知识分享

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