序列比对其他相关问题

全局比对 Global Alignment

由芝加哥的 Needleman 和 Wunsch 两位于上个世纪 70 年代初提出,常被称之为 Needleman-Wunsch 算法。算法针对用户指定的打分函数,确定性地找出两条序列间的最优比对。

Needle-Wunsch 算法对两条序列所有残基进行全局比对的局限性。

  • 功能相关的蛋白之间虽然可能在整体序列上相差甚远, 却常常会具有相同的功能域
  • 序列片段能够独立发挥特定的生物学功能,却在不同蛋白之间相当保守
  • 仅靠全局比对的算法无法发现这样的片段
    • 内含子的发现使得在做核酸水平的序列比对时必须要正确处理内含子导致的大片段的差异

序列比对与动态规划

生物信息的思考方式

biological question

  • 生物学问题
  • 有什么意义

data

  • 输入数据是什么
  • 哪些可接受的数据格式 A

model

  • 如何用计算的方法解决
  • 什么是数据的 model

algorithm

  • 算法是什么
  • 效率如何,有哪些局限性
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