每周文献-190419-植物单细胞BAM重比对以及假基因研究

A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root

DOI(url): https://doi.org/10.1016/j.molp.2019.04.004

发表日期:April 17, 2019

关键点

国内首篇植物相关单细胞文章,两个一作还都很熟。

参考意义

植物单细胞的阶段要开启了,今天提到的这篇文章是国内首篇,也是世界范围内的第四篇植物单细胞文章。除此之外,还有几篇已经在bioRxiv上上线了,不过还没有正式发表。这些文章都不约而同选择了植物中研究最广的模式之物拟南芥,而且全部研究的是根尖。后面在发展就要看看其它组织和物种的情况了。

如果一个东西在植物里已经出现要快速增长的趋势,那么它在人和动物里应该也就已经相对比较成熟了。此时,即便暂时还用不到,但是相关的技术和方法就需要留意和学习起来。

每周文献-190411-lncRNA功能exRNA分析以及DNA甲基化

Antisense lncRNA Transcription Mediates DNA Demethylation to Drive Stochastic Protocadherin α Promoter Choice

DOI(url): https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.008

发表日期:4 April 2019

关键点

反义 lncRNA 转录可以影响DNA甲基化,进而改变染色体结构促进增强子与启动子结合,调控基因表达。

每周文献-190330-DTU分析及转录组denovo拼接解析等

文献题目 Relative Abundance of Transcripts (RATs): Identifying differential isoform abundance from RNA-seq

DOI(url): https://doi.org/10.12688/f1000research.17916.1

发表日期:24 Feb 2019

关键点

差异表达中比较少见的一种方式

参考意义

在 F1000Research 发表的这篇文章介绍了一个利用 alignment-free RNA-seq quantifications 结果进行差异分析的工具,主要是用来对转录本进行差异定量分析。在日常的分析中我们进行差异分析最常见的是对差异基因进行定量分析,这里没有考虑到每个基因内部转录本的情况。

每周文献-190322-DNA甲基化分析工具及silencers鉴定

文献题目:RnBeads 2.0: comprehensive analysis of DNA methylation data

DOI(url):https://doi.org/10.1186/s13059-019-1664-9

发表日期:14 March 2019

关键点

DNA 甲基化全功能分析 R 包 RnBeads 2.0 更新。

参考意义

DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传标记,其在发育和疾病中具有重要作用。最近甲基化分析工具RnBeads 在 bioconductor 上更新了其2.0版本。它可以分析目前诸多种类的甲基化数据,并且可以完成目前甲基化分析相关所有主流内容。
本次升级主要是在输入数据、分析方法、交互界面以及计算效率上进行了提升。软件官方地址为 https://rnbeads.org/index.html 可以进行进一步了解。

研究生培养阅读习惯的十条法则

最近在 PLoS Comput Biol 上发表了一篇文章,作者对于研究生应该如何培养良好的阅读习惯给出了10条建议。简单整理供自己和大家参考。

法则1:养成每天阅读的习惯

可以利用通勤时间,或者用白天几个零碎的时间。要相对仔细的阅读一篇论文而不是非常粗略的或者紧张的浏览一下。

法则2:仔细阅读建立对主题的全面理解

你的将来一定会比现在更忙,所以没什么捷径,仔细阅读文章将为你提供有关你学科中的概念,方法,结果,潜在意义和含义等内容。一旦你具备了关于某个主题的良好背景知识,就可以开始更有选择性地阅读那些填补了特定空白或满足自己好奇心的论文部分。但是良好的背景知识需要很长时间才能建立起来,在你的职业生涯早期做好功课以便以后可以节省时间。

每周文献-181223-单细胞单分子表观

单细胞及单分子在表观的应用

文献题目:Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution

DOI(url): https://doi.org/10.1038/s41588-018-0290-x

发表日期: 2018 Dec 17

关键点

这篇综述介绍了单细胞和单分子表观基因组学正在以前所未有的分辨率揭示基因组调控的各种机制。作者重点介绍了变革技术中的一部分,并讨论了它们如何被用于识别新的基因调控模式

生物信息发文章哪家强

如果想在生物信息学专业杂志上发一篇不用做任何具体生物信息分析的文章,应该怎么做?最近发表在 Bioinformatics 的一篇文章或许可以给你一点思路。

随着生物信息的发展,生物信息学相关的文章近10年呈现大量增加的趋势。世间万物皆可比较,你有没有想过,生物信息发文章哪家强。(山东技校找蓝翔?)

一句话介绍

BIOLITMAP :一个基于地理位置,允许按照年份、杂志和主题轻松筛选查看生物信息学文章发表情况的网站。

每周文献-181216-lncRNA差异分析流程测评

文献信息

标题:Differential gene expression analysis tools exhibit substandard performance for long non-coding RNA-sequencing data

DOI(url): https://doi.org/10.1186/s13059-018-1466-5

发表日期:24 July 2018

关键词: lncRNA, Differential gene expression, RNA-seq, differential expression

文献概述

这篇文章详细的分析了不同标准化和差异分析方法在 lncRNA 分析中的差别。一共使用了25个分析流程,主要关注点是 lncRNA 和一些低表达 mRNA。使用15种指标来评估差异基因的分析方法和标准化方法,一共使用了 6 中不同 RNA-seq 数据集,同时还提供了一个 shiny 网页可视化工具用来展示这些分析结果。按道理类似类型的文章应该达不到这个水平的杂志,lncRNA 分析方法的测评能够发到 Genome Biology 上也是牛,想必定有过人之处。

简单说最后的结论是使用 limma 和 SAMSeq 分析lncRNA 或者表达量很低的mRNA 效果要稍微好些,值得注意的是,为了获得至少 50% 的 sensitivity,在实际环境(如临床癌症研究)中研究表达水平时需要超过80个样本(what ?)。测试使用的大约一半的方法显示出过多的假阳性,非常不可靠。

每周文献-181208-DNA甲基化和几个工具

文献信息

标题: A DNA methylation reader complex that enhances gene transcription

DOI(url): 10.1126/science.aar7854

发表日期: 07 Dec 2018

关键词: DNA methylation; reader complex; SUVH1 and SUVH3; activate

文献概述

emmm , 挺长时间没有植物甲基化的文章发表在 science 上了,文章的通讯作者是美国科学院院士。

DNA 甲基化(DNA methylation)是最早发现的表观修饰遗传标记。DNA 甲基化在调控基因表达、维持染色质结构、基因印记以及胚胎发育等生物学过程中发挥着重大的作用。在真核生物中,DNA 甲基化通常标记转座元件。在植物中,RNA 介导的 DNA 甲基化(RNA-directed DNA methylation, RdDM)是一种重要的甲基化途径,植物中有三种甲基化形式CG、CHG、CHH。CG 由DNA甲基化转移酶 MET1 维持,在植物中 DNMT1 的同源蛋白;植物特异的 CMT3 结合 H3k9me2 促进 CHG 甲基化;CHH 由DRM2 及 CMT2 维持。转座子的插入可以对邻近的基因在转录水平产生影响,启动子的甲基化通常来说会抑制这些基因的表达,但也存在DNA甲基化促进基因表达的例外情况。

每周文献-181130-lncRNA

文献信息

标题:Global identification of Arabidopsis lncRNAs reveals the regulation of MAF4 by a natural antisense RNA

DOI(url): 10.1038/s41467-018-07500-7

发表日期:29 November 2018

关键词:lncRNA, H3K4me3, natural antisense transcripts, concordantly expressed

文献概述

  • 鉴定了 6510 个 lncRNA ,其中包括 4050 个 NAT-lncRNA 以及 2460 个 lincRNA
  • 在不同组织或逆境处理条件下,很多 NAT-lncRNA 与邻近蛋白编码基因的表达呈现正相关趋势。
  • 通过人工 miRNA 沉默部分 NAT-lncRNA 表达可导致邻近蛋白编码基因表达下降,表明 NAT-lncRNA 可正向调控邻近基因的表达。
  • 拟南芥成花抑制基因 MADS AFFECTING FLOWERING4(MAF4) 基因位点有一个 NAT-lncRNA,MAS。
  • MAS 受冷处理诱导并在转录水平激活 MAF4 表达,抑制拟南芥过早开花。MAS 对 MAF4 的激活依赖于一类参与组蛋白 H3K4me3 修饰的 COMPASS-like 复合体。
  • MAS 与复合体中的一个核心蛋白组分 WDR5a 结合并辅助该复合体招募到MAF4 基因位点,促进 H3K4me3 修饰,从而促进 MAF4 表达。
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