Zotero入门学习路径

相关内容简述

学术文献管理和阅读工具其实主要包括管理和阅读两个需求。

所谓管理主要有三个层面的需求,一个是方便的把文献放到工具中去,然后可以提取出准确丰富的文献信息;另一个是可以把需要引用的文献方便的在写作工具中插入;第三个就是快速的找到自己想要的文献。阅读的话就是各种高亮和笔记的操作以及管理。同时还有不同平台同步的需求。

目前常用的文献管理工具有很多,比较有代表性的如下几个:

每周文献-190622-ATAC-seq和转录本从头组装新方法

HMMRATAC: a Hidden Markov ModeleR for ATAC-seq

DOI(url): https://doi.org/10.1093/nar/gkz533

杂志:Nucleic Acids Research

发表日期:14 June 2019

关键点

本文利用 ATAC-seq 技术原理中的转座酶插入特性,设计了一种专门针对 ATAC-seq 的隐马尔科夫模型,这种半监督机器学习方法可以用来鉴定染色质开放区域。

每周文献-190606-多篇结构变异和转录组分析方法文章

Alignment and mapping methodology influence transcript abundance estimation

DOI(url): https://doi.org/10.1101/657874

发表日期:June 03, 2019

关键点

不对比对方法对转录本定量的影响有哪些(读完感觉是给 Salmon 最近一次升级写的软文)

参考意义

使用 RNA-seq 数据进行转录本定量的准确性取决于许多因素,比如比对的方法和所采用的定量模型。虽然有不少文章已经讲过定量模型的重要性,但比较各种比对方法对定量准确度的影响并没有那么受关注。作者在这篇文章中研究了比对方法对定量准确性以及对差异基因表达分析的影响。

随时随地跟踪最新热点文献

本文的图表及主要内容均来自 Meta-Research: Tracking the popularity and outcomes of all bioRxiv preprintsRxivist.org: Sorting biology preprints using social media and readership metrics 两篇文献,一篇发表在elife一篇发表在plos biology,如果有兴趣不妨直接阅读原文。

另外,说一句题外话,关于「bioRxiv」如何发音这个事可能每个人都有不一样的读法,在上面的文献中给出了正确的发音方式,「bioRxiv」的发音等同于「Bio Archive」。

一句话读完全文版

只要有网络随时随地用电脑或者手机打开 Rxivist 这个网站就都给你安排明白了。

每周文献-190419-植物单细胞BAM重比对以及假基因研究

A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root

DOI(url): https://doi.org/10.1016/j.molp.2019.04.004

发表日期:April 17, 2019

关键点

国内首篇植物相关单细胞文章,两个一作还都很熟。

参考意义

植物单细胞的阶段要开启了,今天提到的这篇文章是国内首篇,也是世界范围内的第四篇植物单细胞文章。除此之外,还有几篇已经在 bioRxiv 上上线了,不过还没有正式发表。这些文章都不约而同选择了植物中研究最广的模式之物拟南芥,而且全部研究的是根尖。后面在发展就要看看其它组织和物种的情况了。

如果一个东西在植物里已经出现要快速增长的趋势,那么它在人和动物里应该也就已经相对比较成熟了。此时,即便暂时还用不到,但是相关的技术和方法就需要留意和学习起来。

每周文献-190411-lncRNA功能exRNA分析以及DNA甲基化

Antisense lncRNA Transcription Mediates DNA Demethylation to Drive Stochastic Protocadherin α Promoter Choice

DOI(url): https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.008

发表日期:4 April 2019

关键点

反义 lncRNA 转录可以影响 DNA 甲基化,进而改变染色体结构促进增强子与启动子结合,调控基因表达。

每周文献-190330-DTU分析及转录组denovo拼接解析等

文献题目 Relative Abundance of Transcripts (RATs): Identifying differential isoform abundance from RNA-seq

DOI(url): https://doi.org/10.12688/f1000research.17916.1

发表日期:24 Feb 2019

关键点

差异表达中比较少见的一种方式

参考意义

在 F1000Research 发表的这篇文章介绍了一个利用 alignment-free RNA-seq quantifications 结果进行差异分析的工具,主要是用来对转录本进行差异定量分析。在日常的分析中我们进行差异分析最常见的是对差异基因进行定量分析,这里没有考虑到每个基因内部转录本的情况。

每周文献-190322-DNA甲基化分析工具及silencers鉴定

文献题目:RnBeads 2.0: comprehensive analysis of DNA methylation data

DOI(url):https://doi.org/10.1186/s13059-019-1664-9

发表日期:14 March 2019

关键点

DNA 甲基化全功能分析 R 包 RnBeads 2.0 更新。

参考意义

DNA 甲基化是一种被广泛研究的表观遗传标记,其在发育和疾病中具有重要作用。最近甲基化分析工具 RnBeads 在 bioconductor 上更新了其 2.0 版本。它可以分析目前诸多种类的甲基化数据,并且可以完成目前甲基化分析相关所有主流内容。
本次升级主要是在输入数据、分析方法、交互界面以及计算效率上进行了提升。软件官方地址为 https://rnbeads.org/index.html 可以进行进一步了解。

研究生培养阅读习惯的十条法则

最近在 PLoS Comput Biol 上发表了一篇文章,作者对于研究生应该如何培养良好的阅读习惯给出了 10 条建议。简单整理供自己和大家参考。

法则 1:养成每天阅读的习惯

可以利用通勤时间,或者用白天几个零碎的时间。要相对仔细的阅读一篇论文而不是非常粗略的或者紧张的浏览一下。

法则 2:仔细阅读建立对主题的全面理解

你的将来一定会比现在更忙,所以没什么捷径,仔细阅读文章将为你提供有关你学科中的概念,方法,结果,潜在意义和含义等内容。一旦你具备了关于某个主题的良好背景知识,就可以开始更有选择性地阅读那些填补了特定空白或满足自己好奇心的论文部分。但是良好的背景知识需要很长时间才能建立起来,在你的职业生涯早期做好功课以便以后可以节省时间。

每周文献-181223-单细胞单分子表观

单细胞及单分子在表观的应用

文献题目:Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution

DOI(url): https://doi.org/10.1038/s41588-018-0290-x

发表日期: 2018 Dec 17

关键点

这篇综述介绍了单细胞和单分子表观基因组学正在以前所未有的分辨率揭示基因组调控的各种机制。作者重点介绍了变革技术中的一部分,并讨论了它们如何被用于识别新的基因调控模式

Your browser is out-of-date!

Update your browser to view this website correctly. Update my browser now

×