RNAseq 必读综述和在线教程

最近读到一篇博文,介绍了学习 RNAseq 数据分析非常推荐的两篇综述和七个在线教程并发表了相关评论。本文将进行简要整理并对相关评论内容进行大致翻译,供国内读者参考。

linux 去除文本中的空行

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  • grep
  • tr
  • awk

给你的印象笔记模板使用心得

说明:本文首发于少数派。可在 少数派官网 阅读完整版本。

目录

  • 为什么要使用模板
  • 好用的官方模板
  • 我的私人模板
  • 模板相关使用技巧

为什么要使用模板

一个优秀的程序员会把「DRY」作为自身的行为准则,即 Don’t repeat yourself。同样,一个高效的记录者也不应把同样的内容反复重复记录,而是需要学会借助模板的力量。

服务器和 Windows 本地电脑无缝衔接

服务器和Windows本地电脑经常需要反复上传下载文件,对于初级用户来说通常会建议其下载类似于winscp 之类的软件。但是这类高频操作有没有无需借助其它软件更方便的方法呢?

本教程使用前提:

  1. Windows 系统为win10 且已经可以正常使用 Ubuntu 子系统
  2. 安装有 Xshell 这类可以用来链接服务器的工具
  3. 最好安装有 vs code 本地编辑器
  4. 所有测试是在内网之间进行且本地电脑为网线连接有固定IP地址

IGV 哐当就不能用了,我的 debug 思路

不知道是哪一次更新,不知道是因为更新了什么,PC 上的 IGV 突然就不能用了。不能用了,怎么办。文章记录了我的debug过程以及一点思考。

最近一个多月有一件事情一直萦绕在心头,今天算是初步解决了,记录一下。

研究生培养阅读习惯的十条法则

最近在 PLoS Comput Biol 上发表了一篇文章,作者对于研究生应该如何培养良好的阅读习惯给出了10条建议。简单整理供自己和大家参考。

法则1:养成每天阅读的习惯

可以利用通勤时间,或者用白天几个零碎的时间。要相对仔细的阅读一篇论文而不是非常粗略的或者紧张的浏览一下。

法则2:仔细阅读建立对主题的全面理解

你的将来一定会比现在更忙,所以没什么捷径,仔细阅读文章将为你提供有关你学科中的概念,方法,结果,潜在意义和含义等内容。一旦你具备了关于某个主题的良好背景知识,就可以开始更有选择性地阅读那些填补了特定空白或满足自己好奇心的论文部分。但是良好的背景知识需要很长时间才能建立起来,在你的职业生涯早期做好功课以便以后可以节省时间。

关于文档,还没人告诉你的那点事

学习一个新的工具或者软件,首选方法是阅读开发者写的软件文档,因为TA最清楚怎么回事;其次是阅读最新的英文相关使用讨论或者介绍,因为中文的很多资料往往滞后;再次才是阅读中文相关介绍,而且一定要谨慎参考认真判断。评判一个工具好坏的标准之一也是其文档是否写的足够「好」。

因此无论是开发者还是用户,文档都至关重要。那到底好的文档需要包含哪些内容或者应该如何写出一个尽量好的文档呢?最近看到一篇英文博客:What nobody tells you about documentation ,以下为尽量保留作者原意的不完全翻译版本供你参考。

2018,思考问题的熊

2018 说走就走,还是得记录一下。

码字

我的博客

以下数据来自于 Google Analytics,我对比了几个统计渠道的数据,虽然有些渠道的统计量更高,但是看着都没有Google Analytics 的合理和靠谱。

写博客一年多的时间,共有 9,113 个独立 IP 访问过网站,共进行了 15,000 次会话(用户在网站保持活动状态的时间段,如果用户在离开网站后 30 分钟内返回则之后活动仍将被计为初次会话的一部分), 平局会话时长2分57秒,累计时长750小时。也就是说有接近一万人在我的博客共计度过了31天时间,是不是可以理解为我这一年其实有13个月?

如果要评选出最忠实的读者和最投入的读者,其中有5个人有效会话数超过了100次,最忠实读者有效会话数竟然达到了382次,说实话我写文章的时候会登陆一下博客也做不到如此 频率,共有22人次会话超过了1小时,其中一位以2小时28分的阅读时间拔得头筹,很想知道TA那一天经历了什么。

每周文献-181223-单细胞单分子表观

单细胞及单分子在表观的应用

文献题目:Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution

DOI(url): https://doi.org/10.1038/s41588-018-0290-x

发表日期: 2018 Dec 17

关键点

这篇综述介绍了单细胞和单分子表观基因组学正在以前所未有的分辨率揭示基因组调控的各种机制。作者重点介绍了变革技术中的一部分,并讨论了它们如何被用于识别新的基因调控模式

生物信息发文章哪家强

如果想在生物信息学专业杂志上发一篇不用做任何具体生物信息分析的文章,应该怎么做?最近发表在 Bioinformatics 的一篇文章或许可以给你一点思路。

随着生物信息的发展,生物信息学相关的文章近10年呈现大量增加的趋势。世间万物皆可比较,你有没有想过,生物信息发文章哪家强。(山东技校找蓝翔?)

一句话介绍

BIOLITMAP :一个基于地理位置,允许按照年份、杂志和主题轻松筛选查看生物信息学文章发表情况的网站。

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