IGV 哐当就不能用了,我的 debug 思路

不知道是哪一次更新,不知道是因为更新了什么,PC 上的 IGV 突然就不能用了。不能用了,怎么办。文章记录了我的debug过程以及一点思考。

最近一个多月有一件事情一直萦绕在心头,今天算是初步解决了,记录一下。

关于文档,还没人告诉你的那点事

学习一个新的工具或者软件,首选方法是阅读开发者写的软件文档,因为TA最清楚怎么回事;其次是阅读最新的英文相关使用讨论或者介绍,因为中文的很多资料往往滞后;再次才是阅读中文相关介绍,而且一定要谨慎参考认真判断。评判一个工具好坏的标准之一也是其文档是否写的足够「好」。

因此无论是开发者还是用户,文档都至关重要。那到底好的文档需要包含哪些内容或者应该如何写出一个尽量好的文档呢?最近看到一篇英文博客:What nobody tells you about documentation ,以下为尽量保留作者原意的不完全翻译版本供你参考。

VS Code 系列 1:提升 R 和 Python 使用体验

已经攒了一系列 VS Code 写作计划和素材,之前也发过几篇基础知识的思维导图(见文末)。不过一直不知道该从哪里开始第一篇文章,如果推荐给身边的人,他们可能最关心的是用 VS Code 日常写简单的 R 和 Python 代码体验如何。那就从这里开始吧。

本文以 PC 作为安装配置示例,Mac 基本类似且部分内容体验可能更优。

为什么是 VS Code

既然是系列文章的开篇,姑且对主题按下不表先介绍一下 VS Code。

VS Code 的全称是 Visual Studio Code,官方给他的定义是官方定义是一个免费的、开源的跨平台编辑器。相对于各种 IDE 而言,编辑器则相对更轻量,更侧重于文件或者文件夹而非宏大的项目。

VS Code 学习记 1-4

使用 VS Code作为自己的主力编辑器已经有一年的时间,但是总感觉没有很系统的了解过日常的这个工具,也就不知道自己的使用是否高效。最近再跟极客时间上的一个VS Code付费连载,那就顺便把它好好安排一下,记录一些学习笔记。学习记录将主要分为两种形式,偏文字的部分会整理为思维导图,偏代码的部分会整理为文章。

R安装升级后的若干规定动作

两个地址

R cran 镜像地址 https://cran.r-project.org/mirrors.html

bioconductor mirror 地址 https://www.bioconductor.org/about/mirrors/

第一步:给R包一个家

通过 Renviron 文件为R自身设置一些环境变量,仅对R有效。

file.edit(‘~/.Renviron’) 打开文件

R_LIBS_USER="E:/Rlib"
# 指定R的附加包安装目录

第二步:给R包指两条路

.Rprofile文件在R启动时会被首先执行。

file.edit(‘~/.Rprofile’) 打开文件

在文件末尾添加两行

awk入门与进阶part2—模式动作输出与输入

模式

BEGIN END

当 awk 从输入读取数据之前,首先执行 BEGIN 的语句;当所有输入数据读取完毕,最后执行 END 的语句。BEGIN 与 END 提供控制初始化与结尾的方式。FS 指定输入行分隔符;OFS 指定输出行分隔符。

任意一个表达式都可以作为任意一个运算符的操作数。如果一个表达式是数值形式而运算符要求字符串值,数值会自动转换成字符串;当运算符要求一个数值时字符串会自动转换成数值。

在一个关系比较中,如果两个操作数都是数值,关系比较将会按照数值比较进行;否则的话,数值操作数会被转换成字符串,再将操作数按字符串的形式进行比较。

awk入门与进阶part1—快速入门

awk 的结构

由一个单独的模式–动作语句(pattern-action statement) 组成。

pattern{ action }

awk的运行方式

awk 的基本操作是在由输入行组成的序列中,陆续地扫描每一行,搜索可以被模式匹配(match) 的行。每一个输入行轮流被每一个模式测试。每匹配一个模式,对应的动作(可能包含多个步骤) 就会执行。然后下一行被读取,匹配重新开始。这个过程会一起持续到所有的输入被读取完毕为止。

R的安装配置与升级

这几天R 语言升级到了3.5 的版本,终于在小数点后面一位有了变化。关于新版本可以这这篇博客中查看 R 3.5.0 is released! (major release with many new features)

R 的安装配置和升级对大多数人来说都是比较痛苦的事情。这里简单总结一些的东西,希望对有需要的人有用。

vim 操作应知应会10点

  • vim包括normal和insert两种模式

    • normal模式下所有按键都是功能键
    • 在insert模式下可以正常的输入内容
  • 进入vim 后直接定位在某一行或者末尾

    • vim + test.txt 直接进入文本末尾
    • vim +5 test.txt 直接进入文本的第五行

DNS 的一个新选择

什么是 DNS

网域名称系统(英文:Domain Name System,缩写:DNS)是将域名和IP地址相互映射的一个分布式数据库,能够使人更方便地访问互联网。通过这个系统我们可以将一个域名对应到其真实的IP地址。例如kaopubear.top的域名是人类可读的,但是机器不能识别,我们必须找到其IP才可以。这里的DNS 就像是一个通讯录,我们把名字输入进去,返回一个固定的手机可识别的电话号码然后拨号。
几乎互联网上的一切活动均由一个 DNS 请求开始。DNS 是互联网的目录。点击每一个链接发每一封邮件时,设备所要做的第一件事都是询问这个目录看能在哪里找到这项内容。

好用的DNS 有什么标准

很简单:快速安全,无劫持,能解析到。

但是如果你用到了一个坑爹的DNS,那问题远比你想象的严重。大多数人都是使用运营商自动分配的DNS,但有时候你会发现自己的网页出现了一些莫名其妙的低俗广告,或者有些网站就是打不开。这就很可能你的DNS给你的域名解析了一个假的IP地址,或者对你的DNS 进行了劫持插入了运营商想让你看到的东西,比如广告。

也就是说,如果想,DNS 可以决定哪些域名给你解析,哪些域名不给你解析,哪些给你解析错。 ISP 和一些有需要的人都能看到你访问的每个网站和使用的每个应用,如果他们想,DNS 提供商可以出售你的使用信息给别人。

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