66种测序数据分析方法和流程

66种测序数据分析方法和流程

写在前面:看了标题进来的老铁,这里不可能在一篇文章里写好66个pipeline 给你,实际上我就是给你推荐一个网站。

闲着乱看的时候发现在bioinformatics 上发表了一篇文章SequencEnG: an Interactive Knowledge Base of Sequencing Techniques,再一看Abstract,写道

Next-generation sequencing (NGS) techniques are revolutionizing biomedical research by providing powerful methods for generating genomic and epigenomic profiles. The rapid progress is posing an acute challenge to students and researchers to stay acquainted with the numerous available methods. We have developed an interactive online educational resource called SequencEnG (acronym for Sequencing Techniques Engine for Genomics) to provide a tree-structured knowledge base of 66 different sequencing techniques and step-by-step NGS data analysis pipelines comparing popular tools

艾玛,原来现在已经有至少66种不同测序技术了? 掰着手指想了想,知道的做过的撑死也超不过一双手啊。这66种测序技术都是啥,于是点开了这篇文章的网站想探探路。嗯,果然很多没听说过:)

这个项目是来自NIH “Knowledge Engine for Genomics” 下的一个子项目,主页是这样式儿的。

提供了一个树状测序列表和分析流程的选择栏,两者之前可以相互跳转。这个树状测序列表是这样式儿的。

从大的分支来说包括DNA, RNA 和 Epigenetics 三部分,每部分又延伸出若干分支。随便找到一个子类进去看看,譬如 ATAC-seq?

首先会给一个关于该技术的简单介绍和流程图,是这样式儿和这样式儿的:

点一下pipeline(如果有),就可以去看分析流程了,一个总体分析流程:

接下来点击一个具体的分析步骤,会给一个可以分析该部分内容的工具列表,比如我们点击Peak calling,下面的截图是表格一部分。

嗯,差不多了,接下来你可以自己去试试。顺便提一下,这个网站还有一些其它的小功能也可以留意。


本文作者:思考问题的熊

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